土壤確診還應檢查土壤外表。該辦法是將患病植物的地步與正常植物的鄰近土壤地步進行比較，以檢查是否存在差異。如果是鹽堿損害，則在一般植物病害區的地塊外表會有更多的鹽分累積或顯著的鹽分偏移，并可以初步確認確診。但是，對于土壤營養，植物表現出缺少某些營養或中毒的癥狀。肉眼判斷是不行，有癥狀區域的土壤外表與正常區域之間沒有差異。
確診時，不僅是農作物的地上部分和土壤外表，還包括農作物的地下部分的癥狀和土壤情況，即從農作物和土壤中剖析病因。從總體上講，更正確地獲得了土壤與農作物之間的生理和諧關系。如土壤排水不良，通透性差，土壤中的有毒物質容易積聚在表層，一般農作物的根系又小又短。
在這種情況下，即使少量的新根是白色或棕色，而大多數根是黑色或爛了，整個農作物也會顯得軟弱或枯萎。當土壤枯燥時，根部吸收水分進入深層土壤，并且根部散布較深。當土壤外表潮濕時，土壤溫度較低。但是，根系很短，并且大部分散布在表層。只有質地輕浮或深耕的土壤和根系才更均勻地散布。側根很多，表皮潤滑且無彎曲變形。 由上可知，作物根系的生態變化是土壤某些特征的客觀反應，是土壤確診的重要方面。
